Le principe d'indemnisation est défini par l'article L. 411-69 du code rural. Celui-ci prévoit que « le preneur sortant a le droit d'être indemnisé des constructions et améliorations faites sur le fonds en cours de bail, quelle que soit la cause qui a mis fin bail ».

Ce régime d'indemnisation s'applique à tous les travaux ou investissements qui modifient matériellement le fonds et lui apportent une plus-value, notamment le drainage.

Cependant, seuls les travaux effectués dans le respect des procédures légales (autorisation, information préalable du bailleur) sont indemnisables.

Si le fermier n'observe pas scrupuleusement les procédures légales avant de faire les travaux, ceux-ci seront considérés comme irréguliers et ne seront pas indemnisés.

L'indemnité en fin de bail sera égale au coût des travaux réactualisés, déduction faite des amortissements.

La durée d'amortissement des travaux de drainage est, en principe, fixée par arrêté préfectoral dans chaque département.

A défaut, l'amortissement à retenir sera de 6 % par année écoulée depuis la réalisation des ouvrages.

Toutefois, selon l'article L. 411-71 du code rural, l'indemnité ne sera due que si les aménagements conservent une valeur effective d'utilisation, qu'ils soient amortis ou non.

Un coefficient de réfaction peut être appliqué.

S'il n'y a pas d'accord amiable, le litige peut être porté devant le tribunal paritaire des baux ruraux.