Les contrôles administratifs après l'installation ont pour objectif de vérifier le respect des engagements pris par le bénéficiaire des aides à l'installation à l'expiration du délai de cinq ans, d'apprécier la mise en oeuvre du PDE et du délai de mise aux normes.

La réalisation de ces contrôles est une obligation européenne, figurant à l'article 13-3 du règlement n°1974-2006 de la Commission, du 15 décembre 2006, et nationale, prévue par l'article R. 343-18 du code rural. Il s'agit de la contrepartie aux aides reçues.

Une circulaire du 14 février 2013 du ministère de l'Agriculture précise les règles de contrôle à appliquer par les DDT(M). Pour établir ces contrôles, la DDT confie à un organisme pré-instructeur, souvent la chambre d'agriculture, la mission de constituer le dossier en récupérant les pièces justificatives auprès du jeune agriculteur.

En cas de non-respect des engagements, des sanctions sont appliquées. Selon les manquements, celles-ci peuvent être la déchéance partielle ou totale de la DJA et un déclassement, avec remboursement de la bonification des prêts.

La DDT est tenue de respecter une procédure contradictoire pour permettre au jeune agriculteur d'expliquer la raison de ses manquements.